重庆社科院建院前身为1982年成立的重庆市社会科学研究所。1986年初，重庆社会科学院筹备组成立，经过一年的筹备，1987年3月13日正式成立重庆社会科学院，被确定为委办级事业单位，下设经济发展研究所、经济管理研究所、企业经济研究所、政治法律研究所、社会学研究所和哲学研究室等5个科研所室，科研组织处和情报资料室2个科辅部门，以及院办公室、行政处和北京办事处3个行政部门。
    1988年3月重庆市人民政府发展研究中心成立，挂靠在重庆社科院内，实行"一套班子、两块牌子'的管理体制。
    重庆社科院建立之初没有独立的科研与办公场所。在市委、市政府的关心支持下，重庆社科院于1990年4月迁往江北区桥北村新址，拥有5千多平方米的综合办公大楼，为科研工作提供了较好的条件。
    1989年3月，哲学研究室改为哲学研究所。1989年3月13日，与南桐矿务局联办企业文化研究所；
    1989年12月12日，与重庆钢铁公司联办企业改革与发展研究所；1991年9月2日，与市科委联办软科学研究所。1991年9月，成立文史研究室（所级建制），加强了文、史等相对薄弱的学科建设。
    1998年9月，重庆社科院与南川市委、市政府联合成立了旅游经济文化研究所；1999年与大足县委、县政府联合成立了大足石刻艺术研究所；1999年11月29日成立了重庆社科院渝中分院（与渝中区联办），下设商贸经济、教育和社会法制三个研究所。
    历任院长、副院长：
    第一任：
    院长 蒋一苇 （1987.3-1994.4）
    党组书记、副院长 陶维全 （1987.3-1994.4）
    党组副书记、副院长 李慎 （1988.10-1994.6）
    第二任：
    党组书记、院长 鲁济典 （1994.4-1997.7）
    党组成员、副院长 廖元和 （1994.5-1997.11）
    第三任：
    党组书记、院长 俞荣根 （1997.11-2003.2）
    党组成员、副院长 廖元和 （1997.11-2003.2）
    党组成员、副院长 王青山 （1997.11-2003.2）
    第四任：
    党组书记、院长 陈澍 （2003.2-至今）
    党组成员、副院长 廖元和 （2003.2-2004.1）
    党组成员、副院长 王青山 （2003.2-2005.4）
    党组成员、副院长 肖长富（2003.10-至今）
    党组成员、副院长 孟东方（2004.4-至今）